EMAN - люкс научных инструментов обработки изображения, нацеленных прежде всего на сообщество микроскопии электрона передачи, хотя оно начинает использоваться в других полях также. У этого есть специфический центр при выполнении задачи, известной как одиночная реконструкция частицы.

В этом методе изображения nanoscale молекул и молекулярных трансляций, внедренных в стекловидный (гладкий) лед, собраны на микроскопе электрона передачи, затем обработали использование EMAN, чтобы произвести полный 3-ий recosntruction в разрешающих способностях, теперь приближающихся к атомной разрешающей способности. Для низких структур разрешающей способности (~2 нм) это может потребовать ~8 часов компьютерной обработки и нескольких тысяч частиц.

Для структур, нацеленных на ~0.5 нм или лучшая разрешающая способность, могут требоваться сотни тысяч частиц и сотни тысяч часов центрального процессора (на больших вычислительных кластерах). Действительно, EMAN часто используется в супервычислительных средствах как испытательное приложение для крупномасштабного вычисления.

Научную обработку изображения отличают от типичной обработки изображения Фотомагазина, в которой это - analyitical в природе. Изображения, обработанные в EMAN, являются изображениями серой шкалы с плавающей запятой. Таким образом, значения пикселя в изображениях представлены как действительные числа, не как маленькие целые числа (типичные изображения GIF/JPG/PNG ограничены составными значениями от 0-255 для каждого пикселя).

Обработка часто включает сложные операции обработки изображения в место Fourier или Небольшой волны. EMAN был сначала освобожден в 1999, и был при непрерывном развитии с тех пор. Это состоит из C ++ библиотека сотен различных алгоритмов обработки изображения/тома с переплетами в популярного Питона, пишущего сценарий языка. В новом развитии EMAN все программы пользовательского уровня (из которых есть более чем 200 в EMAN 1.8) развиты в Питоне, разрешая knowledgable конечному пользователю сделать модификации, не имея необходимость загружать или собирать любой из C ++ исходный текст.

Whats, Новый в Этом Выпуске:

· Существенные усовершенствования были сделаны в refine2d.py.
· Используя refine2d.py на всех новых наборах данных настоятельно предложен.
· Некоторые программы используют стиль EMAN2 параметров, то есть "программу <файл> - option=value", а не старый стиль, "программа <файл option=value>".
· Есть новый формат HDF5, совместимый с EMAN2.
· Новые программы AIRS были добавлены, такие как "скелет".
· Новые опции были добавлены, чтобы сделать работу обработки лучше над большими двадцатигранными объектами.
· Инфраструктура параллелизма была улучшена, хотя связанные с сетью проблемы могут все еще существовать.
· Случайное образцовое поколение в makeinitialmodel.py было установлено.